虽然石墨坩埚拥有体积密度大、耐高温、传热快、耐酸碱侵蚀、高温强度大、抗氧化性能高等特点，但是对于个别原料的炼制，在坩埚使用以后的清理工作却很麻烦。
石墨坩埚的清洗首要进行的工作是将坩埚内的化学物质清理出来，然后进行清洁，我们需要根据石墨坩埚内的残余物质是什么来决定用什么东西来清洗，一般石墨坩埚上的附着物是无机燃烧后的残渣，我们可以使用盐酸来进行清理，大多数都是可以溶解的，一些含有碳成分的残留物，使用盐酸是不能溶解的，这时可以使用硝酸进行清洗，因为硝酸具有强氧化性，在清洗时也可以适当加热。
对于那些仍难以清理的物质，可以在稀盐酸或稀硝酸内煮沸，注意所用的盐酸中不得含有硝酸，硝酸盐，卤素等到氧化剂。如果稀硝酸尚不能洗净时，则用焦硫酸钾，碳酸钠或硼砂熔融清洗。

石墨坩埚需要保持清洁，内外应光亮，经过长久灼烧后，坩埚外表可能黯然无光，日久必深入到内部致使坩埚脆弱破裂，因此必须清除不清洁的物质。如仍有污点或表面发乌，则用通过100筛目的无尖锐棱角的细砂，用水润进行轻轻摩擦，使表面回复光泽。